ในโลกอนาคตที่เทคโนโลยีพัฒนาไปมาก มนุษย์ที่มีพลังจิตหรือพลังพิเศษกลายเป็นเรื่องปกติไปแล้ว และถูกนำมาใช้ในหลากหลายสาขา แต่แล้ววันหนึ่งก็เกิดเรื่องราวที่ไม่คาดคิดขึ้น เมื่อ อินเด็กซ์ แม่ชีสาวปริศนาที่มีความสามารถในการจดจำคัมภีร์เวทมนตร์นับแสนเล่ม เข้ามาพัวพันกับ โทมะ นักเรียนหนุ่มผู้มีพลังปฏิเสธ เรื่องราวทั้งหมดเกิดขึ้นในเมืองแห่งการศึกษาที่เต็มไปด้วยเทคโนโลยีขั้นสูงแห่ง
หนึ่งทางตะวันตกของกรุงโตเกียว อินเด็กซ์ถูกตามล่าจากเหล่าผู้ใช้เวทมนตร์ที่ต้องการจะครอบครองความรู้ที่เธอมีอยู่ โทมะจึงต้องช่วยเหลือเธอและพาเธอหลบหนีจากอันตรายต่างๆ นานา การพบกันของโทมะและอินเด็กซ์ได้นำพาให้ทั้งสองเข้าสู่โลกของเวทมนตร์ที่ซ่อนเร้นอยู่เบื้องหลังวิทยาศาสตร์ที่ทันสมัย พวกเขาต้องเผชิญหน้ากับทั้งศัตรูจากฝ่ายเวทมนตร์และองค์กรวิทยาศาสตร์ที่ต้องการควบคุมพลังของอินเด็กซ์
