มิธริล คือองค์กรลับที่ดำเนินการอยู่เบื้องหลังเหตุการณ์สำคัญต่างๆ ทั่วโลก พวกเขาใช้เทคโนโลยีสุดล้ำสมัยเข้าแทรกแซงสงครามและการก่อการร้าย เพื่อสร้างสันติสุขให้กับโลกใบนี้ สมาชิกของมิธริลส่วนใหญ่เป็นผู้ที่มีความสามารถพิเศษที่เรียกว่า Whispered ซึ่งมีความรู้ความสามารถด้านเครื่องจักรกลเหนือกว่าคนทั่วไป ซาการะ โซสึเกะ พลทหารหนุ่มวัย 17 ปี ได้รับมอบหมายภารกิจสำคัญจากมิธริล นั่นคือการปกป้อง คานาเมะ จิโดริ นักเรียนมัธยมปลายสาวสวยผู้มีพลังของ Whispered ไม่ให้ตกเป็นเป้า
หมายของกลุ่มผู้ก่อการร้าย โซสึเกะต้องเข้าไปอยู่ในโรงเรียนและทำตัวเป็นนักเรียนธรรมดา เพื่อปกป้องคานาเมะโดยที่เธอไม่รู้ตัว ด้วยอดีตที่ผ่านมาของโซสึเกะที่เติบโตมาท่ามกลางสงคราม ทำให้เขาไม่ค่อยคุ้นเคยกับชีวิตในโรงเรียนเท่าไหร่นัก การต้องปรับตัวเข้ากับชีวิตนักเรียนและภารกิจสำคัญที่ได้รับมอบหมาย ทำให้โซสึเกะต้องเผชิญหน้ากับความท้าทายมากมาย
