ซากุราบะ อิตโตะกิ ชายหนุ่มธรรมดาผู้เคยเชื่อว่าโลกแห่งนินจาเป็นเพียงตำนาน แต่ชีวิตของเขากลับพลิกผันเมื่อถูกกลุ่มลอบสังหารไล่ล่าอย่างไม่ลดละ เขาค่อยๆ ค้นพบความจริงอันน่าตกใจว่าตนเองคือทายาทรุ่นที่สิบของตระกูลอิกะ หนึ่งในตระกูลนินจาเก่าแก่ที่สืบทอดศิลปะการต่อสู้มาอย่างยาวนาน และกำลังถูกกลุ่มโคกะ คู่ปรับตลอดกาลตามล่าเพื่อขัดขวางไม่ให้สืบทอดตำแหน่งหัวหน้าตระกูล
ด้วยความไม่เต็มใจแต่จำเป็น อิตโตะกิต้องก้าวเข้าสู่โลกแห่งเงามืดของเหล่านินจา เขาฝึกฝนวิชาการต่อสู้และกลเม็ดต่างๆ อย่างหนักเพื่อเอาชีวิตรอด ท่ามกลางการตามล่าอย่างไม่ลดละของกลุ่มโคกะ อิตโตะกิต้องเผชิญหน้ากับความยากลำบากและอันตรายมากมาย ทั้งการทรยศหักหลังจากภายในตระกูลเอง และการเผชิญหน้ากับศัตรูผู้แข็งแกร่ง
ขณะที่อิตโตะกิพยายามที่จะปรับตัวเข้ากับชีวิตใหม่ในฐานะนินจา เขาก็เริ่มค้นพบความลับดำมืดที่ซ่อนอยู่เบื้องหลังความขัดแย้งระหว่างตระกูลอิกะและโคกะ ซึ่งอาจนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่ในโลกของนินจา
