นัตสึเมะ ทาคาชิ เด็กหนุ่มผู้มองเห็นภูตผี ยังคงใช้ชีวิตประจำวันไปพร้อมกับ อาจารย์เนียนโกะ แมวปิศาจผู้คอยปกป้องเขา และ บันทึกสหาย ที่สืบทอดมาจากคุณยาย นัตสึเมะใช้ชีวิตอยู่กับการพบปะเหล่าภูตผีที่หลากหลาย พวกเขามีทั้งความสุข ความเศร้า และเรื่องราวที่ซ่อนอยู่เบื้องหลังชื่อของพวกเขาในบันทึก ในภาคนี้ นัตซึเมะเริ่มเรียนรู้ที่จะยอมรับความสามารถพิเศษของตัวเองมากขึ้น เขาไม่เห็น
ว่าการมองเห็นภูตผีเป็นคำสาปอีกต่อไป แต่กลับมองว่ามันเป็นพรสวรรค์ที่ทำให้เขาได้พบกับเพื่อนใหม่ๆ ที่แปลกและน่าสนใจ นัตสึเมะใช้เวลากับทั้งเพื่อนมนุษย์และเพื่อนภูตอย่างมีความสุข ขณะเดียวกัน นัตสึเมะก็ยังคงเผชิญหน้ากับปัญหาต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับบันทึกสหาย เขาต้องตัดสินใจในเรื่องที่ยากลำบากมากขึ้นเรื่อยๆ เกี่ยวกับการปล่อยเหล่าภูตให้เป็นอิสระ และการรักษาความสัมพันธ์กับทั้งโลกของมนุษย์และโลกของภูต
