6 ปีผ่านไป หลังจากเหตุการณ์ครั้งใหญ่ นาโนฮะ ได้กลายเป็นครูฝึกให้กับหน่วยแผนกปฏิบัติการที่ 6 หน่วยงานที่ก่อตั้งขึ้นมาเพื่อรับมือกับภัยคุกคามจาก ลอสโลเกียร์ หรือเรลิคปริศนาที่ปรากฏขึ้นทั่วโลก ซึบารุ นาคาจิมา เด็กหนุ่มที่เคยได้รับความช่วยเหลือจากนาโนฮะในอดีต ได้เข้าร่วมหน่วยนี้พร้อมกับคู่หูของเขา เทียน่า แลตเตอร์ นอกจากนี้ยังมีสมาชิกใหม่คนอื่น ๆ เช่น คาโร รู ลูเชีย นักอัญเชิญมังกร
และ เอริโอ มอลเดียล เด็กในความดูแลของเฟท ภัยคุกคามครั้งใหม่ เกิดขึ้นจากการปรากฏตัวของ เจล สกาลิเอ็ตตี้ อาชญากรต่างมิติผู้ควบคุมกองทัพ มนุษย์จักรกลสงคราม 12 ตัว และปริศนาของ วีวีโอ ลูกสาวบุญธรรมของนาโนฮะ ที่มีความเกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ทั้งหมด นาโนฮะและเหล่าจอมเวท ต้องเผชิญหน้ากับภารกิจที่ท้าทายที่สุดครั้งหนึ่ง พวกเขาจะต้องร่วมมือกันปกป้องโลกและไขปริศนาที่ซ่อนอยู่เบื้องหลังเหตุการณ์ทั้งหมด
