นาโนฮะ ทาคามาจิ เด็กหญิงธรรมดาคนหนึ่ง ได้พบกับ ยูโน่ นักเวทจากโลกต่างมิติที่กำลังตามล่าสิ่งของวิเศษที่เรียกว่า จูเวลซี้ด แต่กลับถูกศัตรูทำร้ายจนบาดเจ็บสาหัส ยูโน่ได้ค้นพบพลังเวทที่ซ่อนอยู่ในตัวของนาโนฮะ และมอบอาวุธเวทย์ให้เธอเพื่อต่อสู้กับเหล่าผู้ร้าย นาโนฮะที่ได้พบกับโลกใหม่ของเวทมนตร์ ก็ตัดสินใจที่จะช่วยยูโน่ตามหาจูเวลซี้ดทั้งหมด แม้ว่าเธอจะเป็นเพียงเด็กหญิงตัวเล็กๆ
แต่ด้วยความกล้าหาญและใจดีของเธอ นาโนฮะก็สามารถเอาชนะอุปสรรคต่างๆ ได้มากมาย ระหว่างการผจญภัย นาโนฮะได้พบกับ เฟท เทสทารอสซ่า สาวน้อยจอมเวทอีกคนที่ตามล่าจูเวลซี้ดเช่นกัน แต่ด้วยเหตุผลที่แตกต่างออกไป เฟทต้องการจูเวลซี้ดเพื่อช่วยแม่ของเธอให้ฟื้นคืนชีพ ทำให้ทั้งสองต้องมาเผชิญหน้ากันในฐานะคู่แข่ง
