ในโลกคู่ขนานที่ญี่ปุ่นยังคงอยู่ภายใต้การปกครองของ โชกุน ตระกูลโตกุงาวะ และเผชิญหน้ากับการบีบบังคับให้เปิดประเทศจากนานาชาติ โรงเรียนเอกชนแห่งหนึ่งที่ตั้งอยู่ตีนภูเขาไฟฟูจิ กลับกลายเป็นสมรภูมิรบที่ซ่อนเร้น โรงเรียนแห่งนี้เป็นสถานศึกษาสำหรับบุตรหลานของเหล่าซามูไรชั้นสูง ภายใต้การปกครองอันเข้มงวดของ สภานักเรียน ที่นำโดย เซ็นโตกุงาว่า และ ฮันโซ ฮัตโตริ พวกเขาได้รับมอบ
หมายภารกิจในการปราบปรามกลุ่มกบฏที่คุกคามความสงบสุขของโรงเรียน ซานาดะ ยูคิมุระ และ มาตาเบย์ โกโต้ สองนักเรียนสาวผู้ภักดีต่ออุดมการณ์ของตน ได้เข้าร่วมกับกลุ่มกบฏ พวกเธอต้องต่อสู้กับสภานักเรียนและระบบที่ไม่เป็นธรรม ในขณะเดียวกัน ยางิว มุเนอากิระ และ ยางิว จูเบย์ สองพี่น้องฝาแฝดก็ต้องเผชิญกับความขัดแย้งภายในใจ พวกเขาไม่ต้องการเข้าร่วมฝ่ายใดฝ่ายหนึ่ง แต่ก็ไม่อาจเพิกเฉยต่อความขัดแย้งที่เกิดขึ้น
